Конспект лекций по биофизике

максимальная энтропия.

Есть прямые доказательства существования клубка биополимеров. Фотографии.

При сворачивании в клубок между атомами возникают взаимодействия двух

типов.

1) Взаимодействия ближнего порядка – взаимодействия между соседними

полимерными звеньями.

2) Дальние взаимодействия, очень объемные эффекты. Они возникают между

атомами, которые в цепочечной структуре биополимера отстоят далеко друг

от друга, но вследствие изгибов цепи оказались на небольшом расстоянии.

Вследствие объемных эффектов плотность звеньев в пространстве, занятом

молекулой биополимера, может изменяться от точки к точке. Существует

пространственная корреляция. В состоянии клубка флукитуация (колебания)

плотности имеет порядок самой плотности. Однако наличие объемных

взаимодействий может привести к такому состоянию в котором флуктуация

плотности окажется малой по сравнению с плотностью. Такое состояние носит

название глобулы.

Условия существования клубка и глобулы.

Важны заряды, расстояния между мономерами и t0. Увеличение t0 способствует

отталкиванию звеньев, снижение приводит к притягиванию. Существуют t0 при

которых отталкивание между мономерами полностью компенсируется их взаимным

притяжением. Такая t0 соответствует точке Гетта Q (тепла). В Q-точке

макромолекула представляет собой клубок с размерами R ? lN1/2. При

увеличении t0 выше Q-точки возрастают силы отталкивания между мономерам и R

> lN1/2 но макромолекула будет в виде клубка. При снижении t0 ниже Q-точки

в объемных взаимодействиях будут преобладать силы притяжения между

мономерам. Это приведет к конденсации полимерного клубка в плотное слабо

флуктуирующее образование, которое называют глобулой, R ? lN1/3. Таким

образом изменение t0 приводит к изменению размеров макромолекулы, изменению

плотности мономеров, и как следствие к изменению энергии взаимодействия и

изменению агрегатного состояния.

Свободная энергия взаимодействия звеньев зависит от плотности агрегации

этих звеньев.

Рисунок. Вид клубка при нулевой температуре, F-

свободная энергия, n – число звеньев. В состоянии

клубка молекула имеет min свободной энергии при N

? 0. Где F=0 будут осуществляться обратимые

переходы между клубком и глобулой. Переходы могут

быть двух видов:

1) переходы первого рода: при изменении t0

наблюдается тепловой эффект, S и внутреняя

энергия изменяются скачками.

2) фазовый переход второго рода: без тепловых

эффектов. Теплоемкость при этом изменяется

скачкообразно, S и внутреняя энергия

изменяются плавно. В результате удельный V

системы не испытывает скачкообразность

изменений.

Таким образом вид перехода определяется свойствами макромолекулы. В случае

жесткой полимерной цепи переход клубок-глобула осуществляется как фазовый

переход первого рода, в случае гибкой цепи – как фазовый переход второго

рода.

Рисунок. Графическая зависимость плотности

мономерных звеньев от t0. n – плотность

мономерных звеньев, 1 жесткая цепь, 2 гибкая

цепь. В случае гибкой цепи нет конкретной Q

точки, выделяется Q лишь область. В реальных био

молекулах гибкость цепи может изменяться в силу

различий отдельных участков.

Статистическая картина фазового перехода усложняется в реальных молекулах.

Структуры перестройки зависят от физической природы взаимодействий между

мономерными звеньями и необязательно усредняются по всему объему, занятому

данной молекулой.

Статистическая теория полимерных цепей

СТПЦ берет начало в 50х годах ХХ века из Ленинграда. Основная идея СТПЦ

заключается в том, что в полимерной цепи реализуются не любые повороты

атомных групп вокруг единичных связей, но существуют лишь определенные

поворотные изомеры. Конформацию ротомеров можно установить, если мы знаем

химическую структуру цепи.

Рисунок. Этан. Более выгодня транс-конформация,

так как вокруг единичной связи вращается молекула

и меняется Е потенц.

Рисунок. Графическая зависимость Е потенц. от

угла вращения. ?=0 при транс. При поворотах

вокруг единичной связи молекула этана

преодолевает своеобразный энергетический барьер =

12200 Дж/моль.

Величина энергетического барьера имеет в своей основе энергию

дисперсионных сил, если взаимодействующие звенья не полярны; если же они

полярны, то кроме дисперсионных сил, свой вклад вносят ориентационные и

индукционные силы.

Рисунок. Бутан. СН3–СН2–СН2–СН3 энергетически

более выгодна транс-конформация, при которой СН3

группы находятся на max расстоянии друг от друга.

Время превращения одного ротомера в другой 10–10

с. Ротомеры нельзя разделить, они непрерывно

переходят из одной конформации в другую.

Биофизика клетки. Мембранология.

Все клетки окружены цитоплазматической мембраной, которая представляет

собой функциональную структуру, толщиной в несколько молекулярных слоев,

которая ограничивает цитоплазму и большинство внутриклеточных структур, а

так же образует единую систему канальцев, складок и замкнутых полостей,

расположенных внутри клетки. Толщина редко превышает 10 нм, в этой

структуре плотно упакованы липиды и белки, поэтому сухой вес мембраны

составляет более Ѕ сухого веса клетки.

В середине XIX века Дюбуа-Реймон впервые сообщил, что между внутренней и

внешней поверхностью кожи лягушки имеется разность потенциалов. Моль ввел

термин "мембрана" , он изучал цитоплазму клеток растений и выяснил, что она

окружена полупроницаемой мембраной. 1877 г. Пфейфер-ботаник, исследуя

явление осмоса, пользовался как естественной, так и искусственной мембраной

из осадочного ферроцианида. Cu > cходнства между ними > естественная

мембрана участвует в явлении осмоса. Позднее стали говорить о генерации

биопотенциала мембраны (конец XIX века). 1902 г – Бернштейн – мембранная

теория потенциала покоя и потенциала действия > развитие мембранологии.

Хаксли, Ходжкин и К0 впервые показала, что потенцилы покоя и действия

базируются на избирательной проницаемости мембраны к определенным ионам

(К+) – неодинаковое распределение ионов по обе стороны мембраны, в основе

чего лежат процессы активного транспорта ионов через мембрану. С участием

мембраны связаны: фоторецепция, рецепция, БАВ, передача нервного импульса,

синтез ДНК.

Химический состав мембраны

Достаточно высокое содержание липидов, они составляют мембранную

матрицу; белки составляют вариабильную часть; углеводы в виде

гликопротеидов и гликолипидов. В мембране всегда находится небольшое кол-во

воды (важная роль).

Липиды мембраны:

Классификация

I. Классы:

1. Липиды – производные глицерина. Кефалины – фосфодиэтаноламин,

Лецитин – фосфатидилхолин.

2. Липиды – производные сфингозина. Сфингомиолин, цереброзиды.

3. Стерины – холестерин, ?-ситостерин, эргостерин, зимостерин и т.д.

4. Минорные липиды - ?-каротин, витамин К.

II. Группы:

1. Нейтральные липиды – холестерин, триглицериды.

2. Цвиттерионы – 2 заряда диполя – фосфотидилэтаноламин,

фосфотидилхолин.

3. Липиды – слабые кислоты, фосфотидилсерин.

4. Липиды – сильные кислоты – фосфотидиловые кислоты и сульфокислоты.

Мембранные белки

С трудом поддаются выделению, многие вообще не выделяются без нарушения

структуры. Белки в мембране отличаются большим разнообразием. Большинство

белков в мембране находятся в виде клубка, 30% белков могут находится на

поверхности мембраны в виде спирали. Существует несколько классификаций

мембранных белков:

I. Функциональная классификация

1. ферментативные,

2. транспортные,

3. рецепторные,

4. каналообразующие,

5. воротные,

6. структурные.

II. Классификация по локализации по отношению к липидам.

1. интегральные,

2. периферические.

Интегральные белки погружены в мембрану или пронизывают ее насквозь.

Периферические белки на поверхности мембраны и слабо связаны с ней – слабые

взаимодействия. На поверхности интегральных белков имеется значительно

меньше участков, несущих электрический заряд, чем на поверхности

периферических белков.

Вандеркой и Капалди 1972 г. – все аминокислоты делятся на полярные,

неполярные и промежуточные. Полярность а-к первой группы приняли за 1,

полярность а-к второй группы – за 0, полярность а-к третьей группы – за Ѕ.

Изучили состав периферических и интегральных белков: 20 видов мембранных

белков: средняя полярность всех белков равна 0,46; интегральные белки имеют

полярность от 0,3 до 0,4; периферические белки имеют полярность от 0,41 до

0,53.

Углеводы мембран

В связанном виде не встречаются. В состав мембранных углеводов входят

следующие сахара:

- Д-галактоза,

- Д-глюкоза,

- ацетилглюкозамин,

- ацетилгалактозамин,

- Д-фруктоза,

- Д-манноза,

- Д-ксилоза.

Родопсин – гликопротеин оболочки сетчатки, состоит из углеводородной

цепочки (4%), связанной с белками М=28000 Да. Гликопротеиды являются

рецепторами для гормонов, медиаторов, пептидов и др. Большое кол-во

гликопротеидов в вирусных оболочках (до 40% оболочки).

Вода

С ней связаны многие структурно-функциональные свойства мембран, а так

же процессы стабилизации и формирования мембран. Вода входит в состав

мембран и делится на свободную, связанную и захваченную. Связанная и

свободная вода различается по подвижности молекул воды и растворяющей

способности. Наименьшей подвижностью и растворяющей способностью обладает

внутренняя связанная вода. Она присутствует в липидной зоне мембран в виде

отдельных молекул. Основную часть связанной воды представляет вода

гидратных оболочек. Эта вода окружает полярные группы белков и липидов,

имеет min подвижность и практически не обладает свойствами растворителя.

Свободная вода в порах и каналах. По ней могут перемещаться свободные ионы.

Она является хорошим растворителем, подвижная и обладает всеми свойствами

жидкой воды. Захваченная вода обладает изотопным движением, характерным для

жидкой воды, является хорошим растворителем. Она встречается в центральной

зоне мембран, между ее липидными слоями, но эта вода пространственно

делится как с внеклеточной жидкостью, так и с цитоплазмой. У нее нет

возможности свободно с ними обмениваться.

Струкрурная организация мембран

Плохо изучена, но внедряется электронная микроскопия, ЯМР, ЭПР.

Мембраны – 3х слойная структура с наружным и внутренним слоем, тонкие,

темные до 2,5 нм, внутренний слой между ними светлый до 3,5 нм. Считается,

что основой биомембран в большинстве случаев являются мембранные липиды.

1925 г. Грейбель и Гортер описали свойство фосфолипидов самопроизвольное

образованием ими угла биомолекулярного слоя с замкнутой поверхностью в

водной среде. Липиды образуют шаровидные образования.

Рисунок. В другой работе показано, что

такие образования сохраняют устойчивость, если

внешний d этой замкнутой поверхности не меннее

30 нм, так как чем меньше d, тем зазоры между

головками липидов больше и вода просачивается

внутрь замкнутого образования и нарушает

стабильность. Стабильность бислоя определяется

заряженными головками липидов.

Ассимметричность – 2ух слоев, они могут состоять из разным липидов.

Эритроцитарная мембрана: во внешнем слое много фосфатидилхолина и

сфингомиелина, во внутреннем слое много фосфатидилэтаноламина и

фосфатидилсерина. Во многих случаях неполярные хвосты содержат цепочки от

10 до 22 атомов С, между которыми могут быть насыщенные и ненасыщенные

связи, это обуславливает ряд свойств мембран. Чем больше ненасыщенных

связей, тем ниже t0 замерзания липидного бислоя. Внутренний слой бислоя

нерыхлый, он содержит множество холестерина, он заполняет пространство

между неполярными хвостами, влияет на t0 замерзания бислоя: чем больше

холестерина, тем ниже t0 кристаллизации. Холестерин участвует в

стабилизации мембран и будет влиять на проницаемость мембран, чем его

больше, тем ниже проницаемость мембраны.

Мембранные липиды обладают динамическими свойствами:

- способность липидной молекулы к латеральной диффузии, коэффициент

латеральной диффузии равен 3,25*10–8 см/сек. Коэф отражает

способность перемещения липидной молекулы вдоль мембраны,

- вращательная диффузия, К=10–9 сек,

- flip-flop переход, липидные молекулы пересекают мембрану, переходя из

одного слоя в другой. К=10–3 сек средняя величина, показывающая число

переходов – 1 переход в 1000 сек.

Организация мембранных белков

Большая часть мембранных белков находится в виде клубка (?70%), основная

часть может разворачиваться на поверхности липидного бислоя вследствие

электростатического взаимодействия с липидными головками. В этом случае

белки будут расположены на поверхности липидов в виде спирали.

Родоспин, М=28000 Да, форма сферы, d=4 нм, мелкая молекула.

Динамические свойства белков.

1. Латеральная диффузия. все значения для белков с М=100000, К=3*10–10

см/сек. Но белки могут объединяться в кластеры, которые мало

подвижны.

2. Вращательная диффузия К=0,34 сек.

3. flip-flop переходы, К=10–4 сек – частота flip-flop перехода.

Модели биологических мембран

В 1935 г. модель Даниэля Доусона унитарная модель

био мембран. Липидный бислой – структурная

основа. Наружный и внутренний слои – глобулярные

белки. Симметричная модель.

Модель Робертсона (середина 60х г). Мембрана представляет собой 3х слойную

структуру, средний слой из липидов. Белковые молекулы развернуты на

поверхности двойного липидного слоя вследствие электростатических

взаимодействий заряженными головками фосфолипидов. Модель Робертсона

ассимметрична, так как на наружной поверхности мембраны – гликопротеиды.

В группе моделей предполагается наличие белков

матрицы. Модель Лючи (середина 60х г.) – белково-

кристаллическая модель.

Модель _______________ (1970) сохраняется

концепция липидного бислоя, однако этот слой

прирастается участками симметрично расположенных

белков, они жестко фиксированны пространственно

за счет дальнодействующих белок-белковых свойств.

Модель Сенгера и Николсона. 60-70 г. Основа – липидный бислой, в который

включены молекулы интегральных и периферических белков.

Жидкомозаичная модель. С ее помощью объясняется проницаемость мембран.

Мембранный транспорт

Активный: вещества переносятся через мембрану против концентрационного,

электрического и других видов градиентов, на это тратится энергия

клеточного метаболизма. Первичный активный транспорт и вторичный активный

транспорт.

Пассивный: вещество без затрат энергии клеточного метаболизма переносится

через мембрану в направлении градиента. В его основе диффузия и осмос.

Диффузия

определяется движением молекулярных частиц по направлению концентрационного

градиента. Диффузия в физике рассматривается на примере простых моделей.

Для полной диффузии необходимо несколько суток. Для био систем скорость

диффузии не изменяется, но она осуществляется очень быстро. Процесс

диффузии через мембрану изучают на примере:

Скорость диффузии будет определяться

количеством вещества, диффундирующем в единицу

времени.

Закон Фика.

dQs/dt=Ds*A*dCs/dx

dQs/dt – количесво вещества диффундирующее в единицу времени

Ds – коэффициент диффузии

А – площадь поверхности

dCs/dx – концентрационный градиент (изменение концентрации вещества с

Страницы: 1, 2, 3, 4, 5, 6